Родился 9 мая 1955 года в поселке Тобол Тарановского района Кустанайской области (Казахстан). Русский.
Окончил среднюю школу. Выпускник 1-го батальона Новосибирского высшего военного командного училища МВД СССР 1976 года. в Северо-Кавказском округе Внутренних войск МВД России.
После окончания в 1999 году Военной академии Генерального штаба имени М.В. Фрунзе назначен командиром 21-й Софринской бригады специального назначения Московского округа Внутренних войск Министерства внутренних дел (МВД) Российской Федерации.
Софринскую бригаду Геннадий Дмитриевич принял в очень тяжелые времена и повел ее, что называется, с марша – в бой. Полыхал Дагестан, разгоралась Чечня, софринцы с первых дней войны – на передовой. Они подставляли надежное плечо армейцам там, где ощущалась слабина, где на флангах образовывались бреши. Бригаду, едва вышедшую из боя, как палочку-выручалочку бросали то в Алхан-Калу – там прорыв боевиков, то снова в Грозный...
Комбриг умело управлял своими подразделениями. Под его руководством успешно проведены специальные операции в городе Гудермесе, населенных пунктах Луговое, Привольное, Червленная, Старощедринская, Виноградное, Брагуны, Дербанхи. Командиру приходилось в сложнейших условиях принимать решения, от которых зависел успех боя. И поставленные задачи выполнялись в срок.
При проведении спецоперации в районе Гудермеса, находясь на боевых позициях батальона, полковник Фоменко лично возглавил роту и предотвратил прорыв противника через позиции Внутренних войск. Важный рубеж боевики так и не смогли отбить у наших военнослужащих.
За мужество и героизм, умелое руководство подчиненными при проведении специальных операций на территории Северо-Кавказского региона Указом Президента РФ от 11 января 2000 года полковнику Фоменко Геннадию Дмитриевичу присвоено звание Героя Российской Федерации.
В канун 23 февраля 2000 года ему присвоено звание генерал-майора.
С 2001 года он – начальник штаба, первый заместитель командующего, командующий войсками Северо-Западного округа Внутренних войск МВД РФ (г. Санкт-Петербург).
Награжден орденами «За военные заслуги», «За заслуги перед Отечеством» 2-й степени, медалями.
В настоящее время Герой Российской Федерации генерал-майор Фоменко Геннадий Дмитриевич – в запасе [173, 241, 384, 394, 767, 937, 984].