Родился 12 февраля 1937 года в селе Рябово Ханкайского района Приморского края.
В речном флоте – с 17 лет. В 1954–1959 годах – рулевой, 3-й штурман пароходов «Столетов» и «Н. Добролюбов».
В 1963 году совершил свой первый в капитанском звании рейс. Инициатор и первый капитан на Оби, начавший регулярно водить большегрузные речные составы.
С 1971 по 1986 год – капитан группы самых мощных теплоходов Западно-Сибирского речного пароходства. Первым от Томского порта до низовьев провел состав из шести спаренных барж – «двойку» габаритами 36 на 300 метров, разом доставив 18 тысяч тонн грузов.
А когда новый метод освоили судоводители не только Оби, но и Иртыша, повел на Север гигантские составы из восьми и десяти сцепленных попарно барж, доведя их суммарный вес до 30 тысяч тонн.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 апреля 1981 года за выдающиеся производственные достижения, досрочное выполнение заданий десятой пятилетки и социалистических обязательств капитану Западно-Сибирского речного пароходства Валентину Семеновичу Манакову присвоено звание Героя Социалистического Труда.
С 1986 года – начальник судоходной инспекции Обского бассейна.
В 1989 году заочно окончил факультет судовождения Новосибирского института инженеров водного транспорта (ныне НГАВТ).
В 1986–2001 годах Валентин Семенович работал начальником судоходной инспекции Обского бассейна.
Награжден орденом Ленина, двумя орденами «Знак Почета» (1966, 1973), четырьмя медалями, золотой медалью ВДНХ. Лауреат Государственной премии СССР (04.11.1976).
Заслуженный (1998) и почетный (2001) работник транспорта Российской Федерации. Советник Российской академии естественных наук.
В настоящее время проживает в Новосибирске [376, 384, 481].