Родился 12 ноября 1936 года в селе Шилово-Курья Карасукского района ныне Новосибирской области. В семье отец, дед и прадед были хлеборобами, и Геннадий пошел по их стопам. По окончании семилетки работал в колхозе «Вперед к коммунизму».
В 1955 году был призван в армию. Отслужил 4 года на Тихоокеанском флоте и вернулся в родное село. Окончив годичные курсы в СПТУ № 16, он продолжает работать в колхозе на тракторе «С-100». Осенью 1960 года, когда приступили к уборке хлеба, предложили сесть на комбайн. Из года в год повышал квалификацию механизатора, окончил среднюю школу.
Механизатор первого класса. Стаж хлебороба 36 лет. За эти годы вспахано им свыше 20 тысяч га, в отдельные годы намолот доходил до 19 тысяч центнеров и выше, ежегодно скашивал по 700–800 га, а бывало и выше тысячи гектаров.
О его достижениях передавало радио Москвы на всю страну.
Член КПСС с 1972 года.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 декабря 1972 года за большие успехи, достигнутые в увеличении производства и продажи государству зерна, других продуктов земледелия, и проявленную трудовую доблесть на уборке урожая, механизатору колхоза «Вперед к коммунизму» Карасукского района Геннадию Маркеловичу Горбунову присвоено звание Героя Социалистического Труда.
В 1969 году был делегатом III съезда колхозников, съезда профсоюзов в 1977 году, в 1982 году участвовал в работе III Конференции профсоюза работников сельского хозяйства в Москве. Геннадий Маркелович стал наставником молодежи.
Награжден орденами Ленина, Трудового Красного Знамени, медалями, знаком ВЦСПС и ЦК ВЛКСМ «Наставник молодежи».
В последние годы Геннадий Маркелович работал механиком-наладчиком, заведующим ремонтно-тракторной мастерской. В 1993 году он, как и другие члены колхоза, выделился в фермерское хозяйство, стал заниматься звероводством.
В настоящее время Геннадий Маркелович Горбунов на заслуженном отдыхе. В 2007 году в селе Шилово-Курья Карасукского района Новосибирской области в честь Героя Социалистического Труда Геннадия Маркеловича Горбунова установлена мемориальная доска на фасаде дома, где живет хлебороб [40, 246, 423].