Родился в 1903 году в деревне Быково ныне Новосибирского района Новосибирской области в крестьянской семье.
Окончил 4 класса школы, затем выучился на ветфельдшера.
В 1931 году вступил в колхоз. Работал бригадиром плотницкой бригады, полевым бригадиром, ветеринарным фельдшером. Член ВКП(б)/КПСС.
Участник Великой Отечественной войны. Принимал участие в Сталинградской битве. Награжден боевыми орденами и медалями.
С 1946 года работал председателем колхоза им. Орджоникидзе (Барышевский сельский Совет Новосибирского района), который вошел в ряды передовых не только в Новосибирском сельском районе, но и в области.
В 1956 году урожай зерновых в его хозяйстве составил 18–20 центнеров с гектара. Серьезных успехов достиг колхоз и в общественном животноводстве. Производство молока за год составило 313 тонн.
За особые заслуги в освоении целинных и залежных земель, проведении уборки урожая и хлебозаготовок в 1956 году Указом Президиума Верховного Совета СССР от 11 января 1957 года председатель колхоза им. Орджоникидзе Новосибирского района Василий Макарович Бегунов удостоен звания Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».
Пробыл на посту председателя почти 20 лет. За это время была построена в селе школа-семилетка. Одним из первых в районе провел для села электричество, которое сразу же облегчило труд колхозников. Колхоз он принял «развалюхой», но за 20 лет сделал миллионером.
Василий Макарович Бегунов неоднократно избирался депутатом районного и областного Советов [131, 242, 430].